Bu faktörler içerisinde en önemlisi veya en çok rastlanan neden ilk sırada verilen, toprakta besin maddesinin mutlak noksanlığı olduğu sanılmamalıdır. Pratikte elbetteki bir besin maddesinin topraktaki miktarının yetersiz olmasından kaynaklanan besin noksanlıklarına sık sık rastlanır. Buna en iyi örnek olarak ülkemizde ve dünyanın birçok yöresinde görülen azot noksanlığını ve yine ülkemizin bir çok bölgesinde görülen çinko noksanlığını gösterebiliriz. Toprakta azotun yegane kaynağı organik madde olduğu ve toprakların büyük bir bölümünün organik madde kapsamı düşük bulunduğu ve aynı zamanda bitkilerin azot ihtiyacı yüksek olduğu için gübreleme yapılmadığı takdirde, çok ender durumlar hariç, bitkide azot noksanlığı kaçınılmazdır. Yine örnek olarak verdiğimiz, ülkemiz topraklarının önemli bir bölümünde çinko eksikliği de, bitkilerde görülen çinko noksanlığının önemli nedenlerindendir. Buna rağmen ülkemizde tarımı yapılan birçok bahçe ve tarla bitkisinde görülen çinko noksanlıklarının tek nedeni topraktaki çinkonun yetersizliği değildir. Buna ilave olarak veya bundan bağımsız olarak çinkonun alınabilirliğini güçleştiren olumsuz toprak ve iklim etmenleri, başka bir besin elementinin antagonistik etkisi gibi faktörler de çinko noksanlığının nedenleri arasındadır.

Bitkilerde besin noksanlıkları, en çok, yukarıda ikinci sırada sayılmış bulunan, besinin alınmasını güçleştiren veya önleyen toprak ve diğer çevre etmenlerinden ileri gelmektedir. Bilindiği gibi, toprakta bulunan bitki besin elementlerinin tümü bitkiler tarafından kolaylıkla alınabilir durumda değildir. Bir besin elementinin toprakta bulunan total miktarının genellikle az bir kısmı bitkiler tarafından hemen alınabilir durumdadır. Diğer önemli kısmı ise ya hiç alınamaz, veya ancak uzun bir zaman içerisinde bitki tarafından alınabilir. Dolayısıyla bitkinin beslenmesi bakımından önemli olan, bir besin elementinin toprakta bulunan toplam miktarı değil, onun alınabilirlik derecesidir. Toprakta bulunan besin maddelerinin yarayışlılığını sınırlandıran pek çok etmen vardır. Bu etmenlerin neler olduğunun bilinmesi, bitkilerdeki beslenme bozukluklarının ve alınabilecek önlemlerin saptanması bakımından oldukça önemlidir.